Menjadi Program Studi Kedokteran nasional berstandar global yang inovatif dan unggul, serta mengabdi kepada kepentingan bangsa dan kemanusiaan dengan dukungan sumber daya manusia yang profesional dan berintegritas dijiwai nilai-nilai budaya bangsa berdasarkan Pancasila.
Menjadi Program Studi Ilmu Keperawatan yang berstandar internasional, inovatif, unggul, serta senantiasa mengabdi pada kepentingan bangsa dan kemanusiaan dijiwai nilai-nilai budaya bangsa berdasarkan Pancasila
Program Studi Gizi Kesehatan (PSGK) mendesain kegiatan pendidikannya mengikuti filosofi pendidikan konstruktivisme yaitu sebuah filosofi yang berfokus pada mahasiswa yang menekankan pentingnya siswa aktif dalam belajar. PSGK menerapkan SCL (Student Centered Leaning) sebagai metode pengajaran.
Program Doktor didedikasikan bagi mahasiswa yang berkarier di bidang pendidikan, penelitian atau telah memiliki pengalaman praktek profesional yang memadai di bidangnya. Program ini membutuhkan komitmen waktu yang tinggi. Program ini menawarkan 6 bidang keilmuan:
Bidang Biomedik serta pendidikan kedokteran mempunyai orientasi riset akademik, sehingga dapat diharapkan menghasilkan banyak publikasi internasional. Sedangkan untuk bidang pendidikan klinis (yang sebagian besar diikuti oleh para spesialis atau spesialis konsultan) serta bidang Kesehatan Masyarakat (dengan peserta para manajer kesehatan di Kementrian/Dinas Kesehatan, manajer rumah sakit dan lainnya) dapat dikelompokkan menjadi akademik dan yang lebih profesional.
Bagi profesi dokter yang akan memperdalam kompetensi profesional klinis di bidang tertentu, Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyakarat dan Keperawatan(FK-KMK) UGM menyelenggarakan 20 program spesialisasi. Pola pendidikan mengikuti pola “nyantrik” bekerja di rumah sakit untuk membutuhkan pengalaman klinis tertentu yang harus dipenuhi dalam periode waktu tertentu:
| Ilmu Kesehatan Anak | Ilmu Bedah |
| Ilmu Penyakit Dalam | Orthopaedi dan Traumatologi |
| Obstetri dan Ginekologi | Bedah Anak |
| Ilmu Kedokteran Forensik dan Mediko Legal | Bedah Syaraf |
| Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin | Anestesi dan reanimasi |
| Ilmu Kedokteran Jiwa | Ilmu Kesehatan Penyakit Mata |
| Radiologi | Ilmu Penyakit Saraf/Nerologi |
| Ilmu Kesehatan THT-KL | Patologi Anatomi |
| Ilmu Penyakit Jantung dan Pembuluh Darah | Patologi Klinik |
| Mikrobiologi Klinik | Urologi |
Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan menawarkan program Combined Degree bagi mahasiswa yang tertarik untuk mengkombinasikan program pendidikan di suatu bidang dengan bidang lainnya. Dokter yang menempuh program pendidikan Spesialisasi (PPDS), selama pendidikannya dapat mengambil program S2 Ilmu Kedokteran Klinis (MS) yang mampu bersaing dalam memanfaatkan informasi ilmu dan teknologi kesehatan dan kedokteran berbasis bukti terkini dalam pengambilan keputusan klinis dan upaya meningkatkan layanan profesi. Program yang tersedia adalah:
Community and Family Health Care Interprofessional Education (CFHC-IPE) adalah kegiatan longitudinal berbasis komunitas yang menjadi salah satu produk inovasi Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan(FK-KMK) UGM. Kegiatan ini melibatkan mahasiswa S1 di Fakultas Kedokteran yang meliputi program studi pendidikan dokter, ilmu keperawatan dan gizi kesehatan. Kegiatan ini bertujuan untuk memberikan kesempatan dan melatih mahasiswa untuk berkolaborsi antar profesi dalam kegiatan pendampingan keluarga. Adapun pelaksanaanya adalah sejak mahasiswa semester pertama hingga semester tujuh.
