FK-KMK UGM. Departemen Patologi Anatomik, Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan (FK-KMK) UGM bekerja sama dengan University of Dundee mengadakan workshop dengan judul “Workshop on Uploading, Annotating, Organizing, Viewing and Managing Data of GamaPath-OMERO” yang dilaksanakan pada Kamis-Jumat, 7-8 Maret 2024 di Auditorium Tahir lantai 8 Gedung Tahir Sayap Utara. Dalam kesempatan ini, OMERO dari University of Dundee diwakili oleh Petr Walczysko dan Jean-Marie Burel sebagai pembicara.
Workshop ini dilaksanakan dalam rangka peningkatan kapasitas dalam penggunaan aplikasi web GamaPath untuk kegiatan pembelajaran, perkuliahan, praktikum, maupun penelitian. Aplikasi web GamaPath bekerjasama dengan OMERO (The Open Microscopy Environment) yang dikembangkan oleh Profesor Jason Swedlow dari University of Dundee. Kegiatan ini turut mengundang beberapa departemen di FK-KMK UGM, seperti Departemen Histologi dan Biologi Sel, Departemen Mikrobiologi, Departemen Parasitologi, Departemen Ilmu Kedokteran Forensik dan Medikolegal, Departemen Radiologi, maupun dari Departemen Teknik Elektro dan Teknologi Informasi Fakultas Teknik, Fakultas Kedokteran Gigi, serta Fakultas Biologi UGM.
Tujuan dari dilaksanakannya kegiatan ini adalah pelatihan alur kerja pencitraan dan penggunaan aplikasi GamaPath-OMERO untuk kegiatan pembelajaran, pelatihan metode analisis gambar pada OMERO menggunakan software machine mearning and deep learning, serta pengembangan kolaborasi Gamapath di bidang pendidikan dan penelitian bersama tim OMERO dari University of Dundee. Pelatihan ini sejalan dengan Tujuan Pembangunan Berkelanjutan/Sustainable Development Goals (SDGs), khususnya SDGs 4 Pendidikan Berkualitas, karena mendukung dalam proses penelitian dan pendidikan di institusi.
Pada hari pertama, topik pembahasan yang menjadi fokus utama adalah “Imaging Workflows in OMERO”, yang terdiri dari alur kerja dan berbagai pilihan impor data citra pada aplikasi OMERO, manajemen data, viewing images menggunakan fitur OMERO.iviewer, fitur annotate data and filter using annotations, fitur search pada aplikasi OMERO, pembuatan data citra publikasi dengan cepat menggunakan OMERO.figure, penggunaan OMERO untuk kegiatan pembelajaran, serta cara menggunakan OMERO dengan QuPath sebagai aplikasi untuk menilai kasus-kasus patologi. Penggunaan aplikasi dalam penelitian dan pendidikan juga sejalan dengan SDGs 9 Industri, Inovasi, dan Infrastruktur.
Di hari kedua, workshop berfokus pada “Analysis of Images in OMERO using Machine Learning and Deep Learning Software Packages” yang terdiri dari analisis data citra pada OMERO menggunakan Fiji dan proses data mining menggunakan OMERO.parade pada projects and plates, image data resource (IDR) sebagai source of image menggunakan OMERO API, serta analisis menggunakan machine learning tools. Pada kegiatan ini, tim dari University of Dundee aktif membantu para peserta untuk dapat mengaplikasikan perangkat lunak yang diajarkan selama workshop berlangsung. Selain itu, banyak insight baru yang didapatkan dalam workshop terkait teknologi terkini yang dapat dikembangkan untuk pendidikan maupun penelitian di lingkungan UGM.
Pada workshop ini telah disampaikan mengenai alur kerja pencitraan pada aplikasi GamaPath-OMERO, berbagai pembaharuan fitur aplikasi GamaPath-OMERO, pelatihan penggunaan aplikasi GamaPath-OMERO untuk kegiatan pembelajaran kuliah dan praktikum, analisis gambar pada OMERO menggunakan software machine mearning and deep learning, serta evaluasi kegiatan praktikum menggunakan GamaPath-OMERO yang telah terlaksana hingga saat ini. Dengan demikian, harapan kedepannya bagi setiap departemen maupun fakultas yang menggunakan slide konvensional dapat mengembangkan repositorinya menjadi data citra slide virtual yang mumpuni dari segi kualitas maupun kuantitas demi memajukan pendidikan maupun penelitian di UGM.
Kerja sama dengan University of Dundee ini diharapkan kedepannya akan semakin kuat sehingga dapat meningkatkan kapasitas dalam pengembangan teknologi terkini untuk pendidikan, penelitian, maupun pengembangan ilmu pengetahuan di UGM pada umumnya dan di FK-KMK UGM khususnya. Kolaborasi kedua institusi ini sesuai dengan SDGs 17 Kemitraan untuk Mencapai Tujuan untuk perkembangan kualitas dalam pendidikan. (Kontributor: Dept. Patologi Anatomik FK-KMK UGM).
