Pendirian Fakultas Kedokteran UGM tidak terlepas dari sejarah perjuangan bangsa Indonesia dalam mencapai kemerdekaan. Sebagai fakultas tertua di Indonesia, tonggak pendirian Fakultas Kedokteran UGM melalui proses panjang. Pada jaman penjajahan Belanda terdapat sekolah kedokteran School tot Opleiding van Indische Artsen, atau yang juga dikenal dengan STOVIA. STOVIA kemudian berubah menjadi Geneeskundige Hoge School (GHS) di Jakarta. Tahun 1943-1945, pada masa pendudukan Jepang terjadi banyak perubahan. Secara resmi GHS ditutup oleh Jepang. Sebagai gantinya Jepang mendirikan perguruan tinggi baru Bernama Djakarta Ika Daigaku, namun sebagian besar fasilitas dan pengajar berasal dari GHS.
Sesaat setelah Proklamasi Kemerdekaan RI, Djakarta Ika Daigaku diambil alih oleh pemerintah Republik Indonesia dan berubah nama menjadi Perguruan Tinggi Kedokteran (PTK) di Jakarta di bawah Kementerian Kesehatan. Namun, situasi keamanan di Jakarta yang genting karena terjadi perlawanan di mana-mana, maka Kementerian memutuskan untuk memindahkan PTK Jakarta ke daerah pedalaman Jawa Tengah yaitu Yogyakarta yang saat itu sebagai kota penting Republik Indonesia. Sayangnya, saat itu Yogyakarta tidak memiliki fasilitas yang cukup untuk pendirian Perguruan Tinggi Kedokteran, sehingga pendirian dipindahkan ke Klaten, kota kecil antara Yogyakarta dan Surakarta. Secara resmi PTK bagian klinik dibuka di Surakarta pada 4 Maret 1946. Sedangkan PTK bagian pre-klinik dibuka di Klaten pada 5 Maret 1946, sekaligus menjadi tonggak sejarah pendirian Fakultas Kedokteran UGM. Kegiatan Perkuliahan dan laboratorium dilakukan dilakukan di Rumah sakit Tegalyoso Klaten, saat ini bersama RS dr. Soeradji Tirtonegoro.
PTK bersama dengan Perguruan Tinggi Kedokteran Gigi (PTKG) dan Perguruan Tinggi Ahli Obat (PTAO) pindah dari Klaten ke Yogyakarta sesuai Surat Keputusan Menteri Kesehatan ad interin Dr. Soerono tanggal 22-10-49. Di Yogyakarta, ketiga perguruan tinggi selanjutnya disebut sebagai Perguruan Tinggi Kedokteran. Prof. Dr. M. Sardjito ditunjuk sebagai Pemimpin Perguruan Tinggi Kedokteran tersebut. Sebagai pemimpin PTK, Prof. Dr. M. Sardjito dibantu oleh dr. Soetarman, Drs. Radiopoetro dan dr. Soemoesmo. Beberapa dosen yang ada di antaranya adalah Drs. Sardjono, Prof. Ir. H. Johanes, Prof. Abdulrahman Saleh dan dr. Moh. Sale. Sedangkan mahasiswa yang tercatat sebagai mahasiswa tahun pertama adalah Soeprono, Soewasono, Parmono Ahmad, Nasir Alwi (pernah menjadi Rektor Universias Gadjah Mada), Soedibjo Prodjopoerwoko, Roekmini, Ismangoen, Soepardjo, dan Poestika.
Berkat bantuan wakil presiden RI. Drs. Moh. Hatta, Menteri Pengajaran dan Kebudayaan, Ki Mangoen Sarkoro; Menteri Kesehatan Dr. Soerono dan Prof. Soetopo; Menteri Keuangan Lukman Hakim; Menteri Perhubungan dan Pekerjaan Umum Ir. Laoh dan Ir. Sitompul dan Menteri Kemakmuran dan Pertanian I.J. Kasimo dan Sadjarwo, SH serta sekretaris jenderal Mr. Hadi, Ir. Putuhena dan Ir. Goenoeng, PTK Yogyakarta akhirnya diresmikan pada tanggal 1 November 1949 sebagai PTK RI terlengkap pertama kali. Upacara pembukaan tersebut dihadiri oleh Presiden RI Ir. Soekarno.
Selain perguruan tinggi bidang kesehatan, di Klaten terdapat pula Perguruan Tinggi Kedokteran Hewan (pindahan dari Bogor). Perguruan tinggi tersebut juga turut pindah ke Yogyakarta, menempati lokasi yang sama dengan PTK yaitu di Mangkubumen. Perguruan tinggi yang sudah ada di Yogyakarta sebelum PTK pindah adalah Balai Perguruan Tinggi Gadjah Mada (BPTGM) yang berdiri pada 28 Februari 1946, dikelola oleh Yayasan Perguruan Tinggi Gadjah Mada, terdiri atas Fakultas Hukum dan Fakultas Kesusasteraaan.
Pada akhirnya muncul gagasan di antara para kementerian untuk menggabungkan Perguruan perguruan tinggi dan Sekolah sekolah tinggi menjadi satu Universitas di bawah Kementerian Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan. Gagasan tersebut terlaksana dengan didirikannya Universitas Negeri Gadjah Mada (UNGM) berdasarkan Peraturan Pemerintah No.23 tanggal 16 Desember 1949. UNGM mulai menyelenggarakan kegiatan perguruan tinggi pada 19 Desember 1949, salah satunya adalah penetapan Senat Universiteit Negeri Gadjah Mada, yang saat ini ditetapkan sebagai hari jadi Universitas Gadjah Mada Yogyakarta. Sementara itu, PTK dan beberapa perguruan tinggi lain milik pemerintah melebur bersama BPTGM menjadi UNGM. PTK menjadi Faculteit Kedokteran, yang didalamnya terdapat Bagian Pharmacie, Bagian Kedokteran Gigi, dan Akademi Pendidikan Guru bagian Kimia dan Ilmu Hajat (PP 23/1949 Pasa 2(1)).
Akhirnya tahun 1982, gedung Fakultas Kedokteran yang tersebar di seluruh kota Yogyakarta berhasil dipindahkan ke kampus UGM di Sekip. Untuk mendukung kelancaran Pendidikan Kedokteran, Kementrian Kesehatan RI membangun rumah sakit sebagai fasilitas pendidikan di kampus UGM yaitu RSUP. Dr. Sardjito.
Seiring dengan perkembangan zaman, kemajuan perkembangan keilmuan merupakan sebuah keniscayaan. Untuk mengakomodasi keragaman kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat dengan multidisiplin ilmu, Fakultas Kedokteran UGM resmi berganti nama menjadi Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan (FK-KMK) UGM pada bulan November 2017. Pergantian nama tersebut merupakan hasil keputusan bersama siding pleno di FK UGM bulan Oktober 2017. Hal ini diperkuat dengan persetujuan hukum dari Peraturan Majelis Wali Amanat (MWA) UGM No.3 Tahun 2017 tentang Perubahan Ketiga Atas Peraturan MWA No.4/SK/MWA/2014 tentang Organisasi dan Tata Kelola UGM pada November 2017. Hingga tahun 2021, FK-KMK UGM memiliki 32 departemen dan telah meluluskan ribuan alumni yang tersebar di berbagai wilayah nusantara dan penjuru dunia.