Badan Eksekutif Mahasiswa FK-KMK UGM yang selanjutnya disingkat BEM FK-KMK merupakan badan eksekutif tertinggi dalam Keluarga Mahasiswa FK-KMK UGM. BEM FK-KMK memiliki fungsi untuk dapat mengakomodasi segala kebutuhan organisasi dibawahnya dan berupaya untuk membentuk lingkungan kondusif bagi seluruh civitas akademika untuk dapat mengembangkan diri dengan maksimal. Bersama dengan Senat mahasiswa, BEM FK-KMK juga memiliki peran dalam menyalurkan aspirasi seluruh mahasiswa FK-KMK. Dalam pelaksanaannya, BEM akan dipimpin oleh seorang Presiden Mahasiswa dibantu dengan 14 Instrumen Lembaga. Beberapa program kerja unggulan yang dinaungi BEM antara lain Mediant, Investment Workshop, HKN, dan juga PPSMB Morfogenesis.