FK-KMK UGM. Departemen Patologi Anatomik (PA) Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan (FK-KMK) UGM mengadakan guest lecture session bertajuk “Making BioImage Data FAIR on a Global Scale: Open Microscopy Environment’s Bio-Formats, OMERO, and The Image Data Resources” di Auditorium Tahir Utara FK-KMK UGM pada Jumat (25/10). Kegiatan tersebut menghadirkan pengembang aplikasi data mikroskop OMERO, Prof. Jason Swedlow dari University of Dundee, Skotlandia.
Setidaknya 30 peserta hadir dalam kegiatan ini, yang meliputi anggota Tim Penelitian GamaPath FK-KMK UGM, Departemen PA FK-KMK UGM, PPDS PA FK-KMK UGM, dan perwakilan antar-departemen FK-KMK UGM. Kuliah pakar ini diselenggarakan untuk meningkatkan pengetahuan para peserta terkait manajemen data berbasis model untuk biologi eksperimental dan mikroskop digital, mendemonstrasikan aplikasi GamaPath-OMERO, sekaligus mengembangkan kolaborasi di bidang pendidikan dan penelitian dengan tim OMERO dari University of Dundee.
Perwakilan tim GamaPath FK-KMK UGM, dr. Ery Kus Dwianingsih, Ph.D, Sp.PA(K), mengatakan pandemi Covid-19 telah menciptakan disrupsi pembelajaran di FK-KMK UGM, khususnya Departemen Patologi Anatomik. Pembelajaran beralih dari pengunaan mikroskop konvensional menjadi virtual. Pada 2021, Departemen Patologi Anatomik menginisiasi sebuah aplikasi mobile dan web bernama GamaPath untuk mahasiswa FK-KMK agar mereka dapat belajar menggunakan mikroskop virtual.
Untuk menerapkan penggunaan mikroskop virtual, tim GamaPath perlu mendigitalisasi gambar-gambar dari mikroskop konvensional dan slides pembelajaran yang membutuhkan biaya dan sumber daya yang besar, serta waktu yang lama. Beruntung, saat itu, tim GamaPath menemukan konsorsium bernama Open Microscopy Environment (OME) yang memiliki open-source software gratis untuk data mikroskopis. Satu dari sekian produk software OME adalah OME Remote Objects (OMERO) yang dikembangkan oleh Prof. Jason Swedlow.
“Kami menggunakan versi Beta dan kami menggunakan itu untuk melakukan pencitraan. Itu sangat cocok untuk kegiatan praktis para mahasiswa kami dan residen. Kami memasukkan OMERO ke sistem repositori kami, sehingga kami dapat menggunakannya untuk pembelajaran,” ujar dr. Ery.
Prof. Swedlow mengungkapkan, OMERO adalah proyek open-source image yang tersedia secara gratis dan dapat diakses oleh siapa pun dari berbagai penjuru dunia. Profesor bidang Molecular Cell and Developmental Biology itu menyebut, OMERO tak hanya menjadi teknologi terbaik untuk manajemen data gambar, tetapi juga sarana untuk terkoneksi dengan komunitas.
“Yang menjadi fokus kami adalah struktur data, membangun banyak penandaan, kueri, dan analisis data untuk semua gambar, khususnya dalam patologi, dan dapat diakses oleh universitas, lembaga pendidikan, hingga perusahaan bioteknologi,” terangnya.
Kuliah pakar ini sejalan dengan Sustainable Development Goals (SDGs), khususnya SDG 4: Pendidikan Berkualitas yang memudahkan akses pembelajaran secara digital, serta SDG 17: Kemitraan untuk Mencapai Tujuan yang melibatkan kemitraan global dengan University of Dundee. (Humas: Citra).
