Departemen Anatomi adalah nama menurut Struktur Organisasi dan Tatakelola Fakultas di Lingkungan UGM tahun 2015 sebelumnya bernama Bagian Anatomi, Embriologi dan Antropologi. Kegiatan Departemen Anatomi dimulai sejak awal didirikannya Perguruan Tinggi Kedokteran pada tahun 1946 di Klaten. Pendiri Departemen ini ialah Prof. Drs. R. Radiopoetro dan Prof. dr. R. Soewasono. Selanjutnya pada tahun 1949 Perguruan Tinggi Kedokteran, termasuk Departemen Anatomi, pindah ke kawasan Mangkubumen Kompleks Kraton Yogyakarta sebagai Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi Universitit Gadjah Mada, yang kemudian mandiri menjadi Fakultas Kedokteran UGM. Pada tahun 1966 terjadi perubahan, yaitu dikembangkannya Bagian Histologi di luar Departemen Anatomi. Dengan dibangunnya kampus FK UGM di Sekip, sejak tahun 1980 Departemen Anatomi menempati Gedung Anatomi Histologi sampai sekarang. Pada Tahun 2008 terjadi perubahan yaitu Lab. Bio&Paleoantropolgi beserta staf pendidik dan kependidikannya terlepas dari struktur Departemen Anatomi.
Pengurus Departemen Anatomi Periode tahun 2016 – 2021
Ketua Departemen : Dr. dr. Dwi cahyani Ratna Sari, MKes., PA(K)
Sekretaris : dr. Nur Arfian, Ph.D
Program S2
Sejak tahun ajaran 1980/1981, diselenggarakan Pendidikan Pascasarjana Program Studi Ilmu Kedokteran Dasar dan Biomedis, minat Anatomi, dengan subminat : 1) Makroanatomi 2) Neuroanatomi 3) Anatomi Perkembangan. Ketua minat Anatomi adalah dr. Nur Arfian, PhD. dengan Program Unggulan pada Neuroscience, Makroanatomi, Kinesiolog dan Biomekanika serta Anatomi Perkembangan
Dosen tetap:
Dosen Luar biasa:
Divisi Makroanatomi
Divisi Neuroanatomi
Divisi Anatomi Perkembangan
Staf Kependidikan